钯碳除了安全性，关键在催化剂中毒控制和损耗控制。
钯碳在空气中密闭存放时很安全，但要远离溶剂和含硫、磷的化合物。在溶剂存在下，可能起火。
钯碳在有机溶剂中使用时必须在氮气保护下进行。过滤时滤渣不能进行干燥。[如果效率降低，可以先用有机溶剂洗出吸附的有机分子，然后碱洗，注意碱浓度不要过高，避免钯损失，然后还原得到恢复部分活性的催化剂。碱洗液可以电解回收金属钯。这种回收方式只是把堵住孔道的焦油部分的处理了一下，对可逆中毒有效果。一般催化剂再生，是废催化剂焚烧变成钯灰，在精炼金属钯，做成钯的前驱体用来作催化剂。这样可以尽量多的回收钯。